قائم مقام مؤسسه نظارت بر تمامی سیاست های پژوهشی، آموزشی، تبلیغ و اطلاع رسانی و مالی مؤسسه را بر عهده دارد؛ قائم مقام مؤسسه حجت الاسلام  عبدالحسین مشکانی است که امور ذیل را سامان­دهی می­‌نماید:

۱- برآورد اعتبار مورد نیاز فعالیت‌های جاری و توسعه‌ای مؤسسه و تدوین بودجه پیشنهادی و گزارش عملکرد سالانه و ادواری و ارائه به ریاست مؤسسه.

۲- تدوین دستورالعمل‌‌ها و رویه های اجرائی مؤسسه و پی‌گیری تحقق هدف‌­های اجرائی و چگونگی گردش کارها و روش‌های کار در معاونت­‌های مختلف.

۳- مدیریت کلان تمامی امور اداری، مالی و رفاهی و نظارت بر عملکرد کارکنان و پژوهش­گران مؤسسه و اجرای آئین نامه های انضباطی مربوط به پرسنل در چارچوب مقررات مربوط مؤسسه.

۴- برآورد فضای کالبدی مورد نیاز برنامه بلند مدت و کوتاه مدت مؤسسه و تخمین هزینه احتمالی برای ارائه به ریاست مؤسسه.

۵- برنامه ریزی برای تأمین نیازهای تدارکاتی مؤسسه و انجام مقدمات مربوط به برگزاری همایش‌­ها، نشست‌­ها و دوره ها علمی مؤسسه.