قائم‌مقام مؤسسه به نیابت از ریاست، عهده‌دار نظارت بر پیش‌برد چشم‌انداز و اهداف مؤسسه و حسن اجرای مأموریت‌های کاری و جاری معاونت‌ها می‌باشد. علاوه بر این ریاست شورای معاونین و اجرایی مؤسسه و ایجاد هماهنگی بین بخش‌های مختلف مؤسسه را برعهده دارد. متصدی این مسئولیت با آقای حجت‌الاسلام عبدالحسین مشکانی می‌باشد.