- ریاست مؤسسه نقش اتخاذ سیاست‌های کلی در دو حوزه علمی و اجرایی را بر عهده دارد. در حوزه علمی، جهت‌گیری مطالعات گروه‌های پژوهشی به طور مستمر به استحضار ریاست مؤسسه خواهد رسید و هر ماه گزارش کاملی از فعالیت‌های علمی تمام گروه‌ها و کارگروه‌ها در اختیار ایشان قرار می‌گیرد. در حوزه فعالیت‌های اجرایی نیز، پیشنهاد انجام فعالیت‌های موردی پس از بررسی با نظر رئیس مؤسسه به مرحله اجرا می‌رسد. برگزاری همایش‌ها، دوره‌های علمی، تشکیل کارگروه‌ها وگروه‌های جدید، تخصیص بودجه، تنظیم تفاهم‌نامه‌های همکاری و عقد قراردادهای پژوهشی تحت اشراف کامل ریاست مؤسسه بوده و بنا به دستور ایشان برنامه‌های مستمر و موردی در ابتدای هر دوره کاری (فروردین هر سال) تنظیم می‌گردد. ریاست مؤسسه هم اینک با حجت الاسلام و المسلمین دکتر احمد رهدار است.
