معاونت راهبردی مؤسسه فتوح اندیشه بنابر اهداف کلان موسسه مأموریت تبدیل یافته های پژوهشی به راهبرد و طرحهای راهبردی در محورهای مورد نیاز حکومت دینی در نسبت با حوزه علمیه را دارد که در دو سطح ملی و بین المللی دنبال میشود. تشکیل کمیسیون های راهبردی و دعوت از کارشناسان به فراخور موضوعات و طرح ها نیز در دستور کار این معاونت قرار دارد. برخی از عرصه های تمرکز این معاونت برای ارائه راهبرد و تولید طرح های راهبردی در ذیل آمده است.
 سیاستگذاری های آموزشی و پژوهشی.
 سیاستگذاری تبلیغی، ترویجی و فرهنگی.
 سیاستگذاری ارتباطات ملی و بین المللی.
 سیاستگذاری راهبردی حوزه خانواده و تربیت.

مسؤولیت این معاونت با حجت الاسلام آقای علی جلینی می باشد.