‌معاونت پژوهش مؤسسه فتوح اندیشه به پژوهش و تولید دانش در عرصه­ فقه‌­های تخصصی و پاسخ­گویی به مسائل نو و نیازهای جدید دولت اسلامی از پایگاه فقه اسلامی، می‌­پردازد. در این راستا و با در نظر گرفتن امکانات، ظرفیت­‌ها و توانمندی­‌های موجود مؤسسه گروه‌­هایی برای تولید دانش فقه­‌های تخصصی ذیل مدیریت معاونت ­پژوهش در حال فعالیت هستند؛ از قبیل  فقه­ دولت، فقه ­بین الملل، فقه ­زنان و خانواده، فقه اقوام و اقلیت­‌ها، فقه­ الاخلاق، فقه ­هنر، فقه ­رسانه، فقه دیپلماسی عمومی، فقه ­سرمایه اجتماعی، فقه­ اوقات فراغت، فقه ­آینده­ پژوه و فقه­ وقف.

نظارت بر اجرای اساس­نامه گروه­‌ها، برگزاری شورای پژوهش بر حسب نیاز معاونت، برنامه‌ریزی انجام طرح­های پژوهشی، انعقاد و پیگیری قراردادهای پژوهشی، ارزیابی متون پژوهشی، مدیریت تولید متون، مدیریت کرسی­‌های آزاداندیشی و میزگرد علمی وتمامی امور مربوط به ویراست و نشر مقالات و کتب، ذیل معاونت پژوهش تعریف شده است؛ مسؤولیت این معاونت با حجت الاسلام آقای محمدرضا پیری است.