معاونت آموزش، عهده‌دار برنامه‌ریزی و اجرای نشست‌ها، کارگاه‌ها و دوره‌های آموزشی با بهره‌گیری از استادان متخصص حوزوی و علوم انسانی برای طلاب، پژوهش‌گران و دانش‌جویان می‌باشد. این معاونت، در برگزاری کلاس‌های آموزشی، به نیازهای اساسی و کلیدی امروزه دانشگاه‌ها و حوزه‌های علمیه و هم‌چنین مطالبات رهبری معظم انقلاب اسلامی توجه داشته و با افزایش کیفیت هرچه بیش‌تر دوره‌های آموزشی، سعی در ارتقای درک فقهی، تمدنی و بین‌المللی مخاطبان و تربیت نیروهایی هم‌تراز دولت اسلامی دارد.مسؤولیت این معاونت، هم‌اکنون به عهده حجت‌الاسلام آقای دکتر مهدی امینی است.