مدیریت پژوهش معاونت آموزش و پژوهش مؤسسه فتوح اندیشه به پژوهش و تولید دانش در عرصه‌ فقه‌‌های تخصصی و پاسخ‌گویی به مسائل نو و نیازهای جدید دولت اسلامی از پایگاه فقه اسلامی، می‌‌پردازد. در این راستا و با در نظر گرفتن امکانات، ظرفیت‌‌ها و توانمندی‌‌های موجود مؤسسه، گروه‌هایی برای تولید دانش فقه‌‌های تخصصی ذیل مدیریت معاونت ‌پژوهش در حال فعالیت هستند.

نظارت بر اجرای نظام‌نامه گروه‌ها، برگزاری شورای پژوهش برحسب نیاز معاونت، برنامه‌ریزی انجام طرح‌های پژوهشی، انعقاد و پیگیری قراردادهای پژوهشی، ارزیابی متون پژوهشی، مدیریت تولید متون، مجله فقه دولت اسلامی، مدیریت کرسی‌‌های آزاداندیشی، میزگرد علمی، مصاحبه‌های علمی و تمامی امور مربوط به ویراست و نشر مقالات و کتب، ذیل معاونت پژوهش تعریف‌شده است.

مدیریت آموزشی معاونت آموزش و پژوهش مؤسسه فتوح اندیشه با رسالت‌هایی همچون برنامه‌ریزی و ارزیابی آموزشی، مدیریت منابع آموزشی، مدیریت‌های سنجش و پذیرش، امور اساتید، اجرای دوره‌ها و تدوین سرفصل‌ها و درس‌نامه‌های آموزشی عهده‌دار اجرای سیاست‌ها، برنامه‌ریزی، هدایت و راهبری و نظارت و ارزیابی امور آموزشی این مؤسسه است. مؤسسه با محوریت موضوعات ذیل برنامه‌های آموزشی خود را اجرایی می‌کند.

مسئولیت این بخش هم‌اکنون به عهده حجت‌الاسلام آقای پیری است.